Coulis de bactéries

© Biocéane

Durant ces dernières décennies, la stratégie « zéro bactérie » prévalant dans la prévention des intoxications alimentaires a cherché à éliminer autant que possible des aliments toute vie bactérienne nocive⁽²⁾. Grâce au développement des protocoles d’hygiène et des technologies d’emballage, les industries ont ainsi mis sur le marché des produits frais non pasteurisés (le chauffage intense de la pasteurisation dégrade souvent les flaveurs et les textures) à très faibles teneurs en bactéries. Pour autant, ces derniers ne sont pas à l’abri d’invasions bactériennes rapides et impossibles à maîtriser. Afin de conditionner au mieux un produit frais, il s’avère efficace d’ajouter à sa surface une bactérie neutre pour la santé, capable de s’y développer tout en gênant, par sa présence, la prolifération des autres germes, mais ne modifiant pas les qualités organoleptiques de l’aliment. C’est le procédé de biopréservation alimentaire. Les industriels s’intéressent depuis peu à cette approche qui a fait pourtant l’objet de nombreuses recherches (principalement en Europe) depuis les années 1980, mais qui s’est heurtée à la connotation négative généralement associée aux bactéries ainsi qu’à de grandes difficultés pour maîtriser la survie et l’évolution des germes potentiellement intéressants. Les bactéries lactiques, privilégiées car présentes dans l’intestin, s’accommodent souvent mal de la réfrigération ; elles n’empêchent pas toujours le développement des autres germes et altèrent parfois les qualités organoleptiques des produits. En 1997, après un long «casting» réalisé sur des milliers de bactéries différentes, nous avons pu isoler un spécimen idéal, nommé LLO (cf. article ci-dessous), à partir d’un merlan pêché au large de La Turballe. L’exploitation de cette découverte permet de retarder l’altération nocive de produits marins sans recourir à des additifs chimiques. Ainsi, grâce à une présence abondante de LLO sur du poisson et des crevettes conditionnés en barquettes sans oxygène, il est possible d’allonger de plusieurs jours leur durée de conservation, dans des conditions parmi les plus saines possibles.

⁽²⁾ Tous les microorganismes ne sont pas néfastes, loin s’en faut. L’apport de certaines bactéries lactiques ou de levures permet même d’élaborer de nombreux aliments : yaourts, fromages, pain, bière... Il faut en revanche prévenir le développement d’autres microorganismes responsables d’intoxications graves, comme les listérioses ou les salmonelloses. Ces deux domaines, utilisation et prévention, constituent depuis Pasteur le champ des recherches de la microbiologie alimentaire.

L’histoire de la recherche sur la bactérie LLO

Sylvie Lorre © Atlanpole

Une recherche menée avec du jus d’épinard

Après avoir, pendant sa thèse, étudié et appliqué des protocoles scientifiques standard portant sur la connaissance des bactéries lactiques issues de poisson, Sylvie Lorre était convaincue de pouvoir en trouver une qui soit utilisable dans un procédé de biopréservation de produits d’origine marine et exploitable à un niveau industriel. Or, au début des années 1990, l’idée d’ajouter une bactérie dans les aliments était contraire à la doctrine du « zéro bactérie » ; une fois la thèse achevée, il n’a pas été possible d’obtenir un financement pour poursuivre une telle recherche au sein d’une structure dotée d’équipements modernes.

Sylvie a alors monté son propre atelier de microbiologie dans une dépendance de jardin et a dû adapter ses méthodes de travail à cet environnement inhabituel. C’est en s’inspirant de techniques employées au XIXe siècle qu’elle a pu mettre au point des milieux de culture à base de jus d’épinard et de tranches de pomme de terre. Après avoir vérifié qu’il est ainsi possible d’isoler des bactéries lactiques du yaourt, elle a commencé, dès 1994, à chercher une telle bactérie isolée de poisson. Il lui faudra patienter trois ans pour trouver enfin la bactérie LLO. La découverte de ce ferment est liée aux conditions « rustiques » de son isolement : il s’agit d’une souche isolée en hiver, à température ambiante, et qui est particulièrement adaptée au froid. Avec la venue de l’été, Sylvie a découvert que cette bactérie ne supporte pas les températures proches de 30°C. Cette caractéristique est devenue un atout technologique par la suite car, à 30°C, LLO ne gène pas l’analyse complète des germes d’un produit, généralement réalisée à une telle température. Or, à l'époque, il n'était pas concevable qu'une bactérie lactique ne puisse pas se développer à 30°C ; on sait aujourd'hui que de nombreuses bactéries lactiques ont cette particularité (un article sur ce sujet avait pourtant été publié en 1991 mais sans attirer alors l'attention car il portait sur une bactérie isolée du permafrost canadien, a priori sans intérêt alimentaire).
Le bénéfice de la persévérance

Trois années supplémentaires seront nécessaires pour tester cette bactérie sur des filets de poisson et pour se convaincre de ses effets bénéfiques. Ce fut, pour Sylvie, le moment d’étudier les brevets déjà déposés dans le domaine de la biopréservation.

En 2000, une fois certaine de l’originalité de son idée, elle se lance dans le montage de son entreprise avec un ancien collègue nantais rencontré pendant sa thèse : Patrice Daniel, Docteur de l'Université de Nantes. Dans le même temps, les industriels commencent à reconnaître largement l’inefficacité de la stratégie « zéro bactérie » pour les produits alimentaires non pasteurisés ; certains acceptent alors de participer à des essais.

Avec le succès de ces tests, le projet reçoit les soutiens de la Région des Pays de la Loire et du Département de Loire-Atlantique, via la pépinière d’entreprises Atlanpole. Un brevet est déposé en 2001 et le projet reçoit un prix au Concours de la création d’entreprises innovantes, permettant le lancement effectif de la société Biocéane et la diversification des essais. Ces résultats ont contribué au développement de la recherche institutionnelle sur les bactéries lactiques menée aujourd’hui à Nantes par l'Enitiaa et l'Ifremer.